Wissenschaftliche Arbeiten ohne Berücksichtigung der Fachliteratur sind nicht denkbar. Deshalb baut die BBG seit Jahrzehnten eine Bibliothek auf, die in erster Linie den Mitgliedern zur Verfügung steht. Sie enthält über tausend Einzelbände aus allen Bereichen der Botanik, insbesondere pflanzengeographische Literatur und zahlreiche Florenwerke, zudem eine Vielzahl von Zeitschriften, die meist durch Tauschverkehr erworben wurden.
1975 wurde ein Teil der Zeitschriften der Universitätsbibliothek Basel als Depositum überlassen, und diese sorgte im Gegenzug für die Katalogisierung des gesamten Bestandes.
Die Bibliothek befindet sich im Dachstock des Botanischen Institutes. Ihre Benutzung ist nach Rücksprache mit dem Gesellschafts-Bibliothekar möglich.
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